抽老鼠糞便的total DNA去做PCR卻P不到大腸桿菌？

Question

如題，抽老鼠糞便的total DNA去做PCR，我卻一直P不到大腸桿菌16S DNA(用enterbacteriae 16S DNA的primer來p)

positive control直接抽E.coli的DNA去P 有P到 而且很漂亮 是single band

所以確定primer和操作技術沒問題

又抽的方法 也試過很多種

直接用糞便pellet加熱去p 或者用agitation機器來抽細菌DNA

卻怎樣也p不到

但老鼠的糞便沒有enterobacteriae不是很詭異嗎

有沒有做過相關實驗的專家~可以指教一下嗎

謝謝喔^^

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我從你的描述的觀點來看,可以給你幾個建議:

你既然PC可以做得出來,其實不需要再試其他種方式, 何不做細菌培養將之增殖,再挑出你要的菌種進行PCR, 這樣有幾個好處,

第一, 你抽的DNA不會被其他菌株汙染或干擾;

第二, 也許你要的E.coli菌株表現量不多,放大之後比較好做;

第三, 培養出的菌株可以額外做生化鑑定實驗, 以核對你要的E.coli 確實是你要的strain (看你做不做,不做也沒關係,不過是多一個data)

第四, 確定你所要的E.coli 是一定會在老鼠腸道中存在, primer確定是你要的,要不然你的PC跟檢體的不一樣,怎麼也做不出來